Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Первые два военных года сражался лётчиком в 184-м истребительном авиационном полку и в 152-м истребительном авиационном полку, затем командиром авиационной эскадрильи 29-го истребительного авиационного ордена Ленина Краснознамённого полка, который за образцовое выполнение боевых задач и проявленные при этом мужество и героизм в оборонительных сражениях под Москвой приказом Народного комиссара обороны СССР И. В. Сталина от 6 декабря 1941 года № 347 был преобразован в 1-й гвардейский истребительный авиационный полк.

Командир эскадрильи гвардии старший лейтенант Иван Забегайло к марту 1943 года совершил 326 боевых вылетов, в 99 воздушных боях лично сбил 16 и в составе группы — 6 самолётов противника (по данным наградного листа, из этого числа подтвержденными являются 11 личных и 2 групповые победы).

Указом Президиума Верховного Совета СССР «О присвоении звания Героя Советского Союза начальствующему составу Военно-Воздушных сил Красной Армии» от 24 мая 1943 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство» был удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 920].

Со второй половины 1943 года и окончания войны служил в 54-м гвардейском истребительном Керченском авиационном полку (1-я гвардейская истребительная авиационная дивизия, 1-й Белорусский фронт).

После войны, продолжал службу в ВВС. С 1947 года майор И. И. Забегайло — в запасе. Член КПСС с 1946 года.

Жил и работал в городе Симферополь (Крым).

Умер 23 декабря 1958 года. Похоронен на Воинском кладбище в Симферополе.